人的疾病和灾厄到底是怎么来的？
《太平经》认为人的疾病与死亡，是由于善恶行为所造成的，人的所作所为，上天都知道，而且记录的清清楚楚，作为疾病与死亡的依据。
如《大功益年书出岁月戒》云：过无大小，天皆知之。簿疏善恶之籍，岁日月拘校，前后除算减年，其恶不止，便见鬼门。地神召问，其所为辞语同不同，复苦思治之，治后乃服。上名命曹上对，算尽当入土，愆流后生，是非恶所致邪?
每一个人在上天都有一本“生死簿籍”，详细记录了人的善恶行为，作为对人增年减寿的依据，人的吉凶祸福都是被上天所列管。
《太平经》对此一再提及，如《有德人禄命诀》云：“生命之日，司候在房，记着录籍，不可有忘。”又云：“故今大德之人，并领其文，籍系星宿，命在天曹。外内有簿，上下八方，皆有文理，何得自从。”
《七十二色死尸诫》云：“积过众多，太阴主状，当直法轻重，皆簿领过，人不自知，以为无他。”这些引文，说明《太平经》认为人的一言一行都被考核，详细地记载在善恶簿籍之中，作为“前后除算减年”的依据。
人必须为自己的行为负责，靠行善积功来增加自己的寿命，若为非作歹，算尽“便见鬼门”，死尚无法抵罪，则“愆流后生”，子孙有承负之灾。
上天有生之德，会助人修道成仙，赐下养生妙方，可是神仙难救无命人，为恶者必然要面对着疾病与死亡的折磨，如《上善臣子弟子为君父师得仙方诀》云：今人实恶，不合天心，故天不出其良药方也。
反日使鬼神精物行考，答击其无状之人，故病者不绝，死者众多也。
上天协助善人成仙，同样地打击恶人，使其“病者不绝”与“死者众多”。生死与善恶是紧密结合的，人的养生之道在于清楚地面对自己的行为，才能避免天谴，问题是上天的赏罚真的很准确吗？
《太平经》指出在这一点上是不用怀疑，《大圣上章诀》云：“故言天遣，心神在人腹中，与天遥相见，音声相闻，安得不知人民善恶乎？”所谓“心神在人腹中”，是指人身中有与天地交通之诸神，人与天是直接感应相通，导致人的善恶行为被清楚地记录在簿籍中。
因为天人感应，所以疾病的产生与天地之气的运行与变化有关，以传统气化论，来解说人体致病的现象，形成了祛病延年的养生理论。
如《大小谏正法》认为疾病与灾变，都是天地警告世人的正常现象：故天地之性，下亦革谏其上，上亦革谏其下，各有所长短，因以相辅，然后天道凡万事，各得其所。是故皇天虽神圣，有所短，不若地之所长，故万物受命于天，反养体于地。
三光所短，不若火所长。人之所短，不若万物之所长。故相谏及下，极小微，则不失道，得天心。故天生凡事，使其时有变革，悉皆以谏正人君，以明至德之符，不可不大慎也。
疾病与灾厄，是天地“相谏”的方式，亦是宇宙和谐的方法，即“天地之性”，彼此要“下亦革谏其上，上亦革谏其下”，来互补长短与相辅相成。
就人来说，则始终是被天地所革谏，疾病与灾厄就是上天对下民的警告。故人体疾病与心性善恶有关，必须从心性处下手，才能找到治病的良方。
从天人感应的角度来说，人的疾病也是天地疾病的征兆，治疗人的疾病，也是参与天地的造化之功，如《拘校三古文法》云：天地病之，故使人亦病之，人无病，即天无病也。人半病之，即天半病之。人悉大小有病，即天悉病之矣。故使人病者，乃乐觉之也，而不觉，故死无数也。
治疗人间疾病，正可以治疗天地之大病，如此，治病救人就是度世，养生也是一种顺应天心的表现。
治病也是一种觉悟，避免“死无数”。续云：“夫人有病，皆愿速较为善，天地之病，亦愿速较为善矣。”面对疾病，要速谋解决之道，人的治病除疾，是用来维持天地阴阳的和谐。
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